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堆肥堆将有机物质分解成称为腐殖质的天然肥料。一旦材料在堆肥堆中被分解，院子里和厨房垃圾中的营养物质就可以被回收并应用到你的花园里。大部分工作是由以植物物质中的碳和氮为食的细菌完成的。它们分泌天然酶，将堆肥中更复杂的成分分解成微生物可消化的物质。蠕虫和真菌也使用酶来生物降解堆肥。
堆肥酶天然来自细菌、真菌和吞食植物物质的蠕虫的消化道。这些酶分解材料，让各种生物以餐桌和院子里剩下的食物为食。没有酶，材料就不会分解。如果堆肥开始时细菌很少，它们可能需要更长的时间才能自然产生所需的东西。
堆肥最容易获得的天然启动剂是用铲子装满最后堆肥。它拥有产生开始新桩所需的酶所需的所有本地天然生物。其他天然发酵剂有助于增加堆肥堆中的氮含量，如果氮含量太低，则会抑制堆中细菌的生长。血粉、骨粉、鱼粉、用过的咖啡渣和动物粪便都有助于提高氮含量并促进细菌的生长，这些细菌会产生消化堆肥的酶。
园艺用品商店出售许多堆肥发酵剂，这些发酵剂基本上将所有细菌和酶与少量氮气捆绑在一起以使其运转。商业发酵剂中的细菌通常在实验室中培养，然后以悬浮状态包装和销售。当暴露在水分、水和植物物质中时，它们会重新激活。大多数家庭和园艺商店都可以买到酵素发酵剂。
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